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空间转录如何实现空间信息获取
空间转录组数据分析的核心流程包括数据获取与预处理、聚类与空间定位、结合组织区域与病理学特征挖掘信息，以及联合单细胞RNA测序解析细胞类型空间位置信息。具体如下：数据获取与预处理核心任务：获得测序数据后，需对图像进行处理、数据比对和Barcode处理，以获取每个芯片上每个spot的基因表达信息。
核心步骤拆解 第一步：捕获单细胞信息——用微流控或激光显微切割技术分离单个细胞，保留其RNA（遗传活动信号）。 第二步：标记空间坐标——通过特殊玻片或荧光探针，给每个细胞所在位置打上“条形码”（例如网格坐标）。
原位杂交：通过化学或荧光信号标记能够与特定转录本特异性结合的探针序列，在杂交后检测探针上的化学或荧光信号，利用成像技术获得基因的空间表达信息。如smFISH、MERFISH和Nanostring CosMx SMI等技术。
图4：光交联反应实现空间选择性标记（图源[2]）全转录组扩增与测序：RNA到cDNA转换：以RNA为模板合成cDNA副本。标签整合：通过纳米驱动拼接反应，将DNA标签与目标cDNA序列合并为新DNA单链。NGS测序：新单链可直接用于新一代测序，获取完整转录组信息。
通过数据分析，可以获得包含精确空间位置信息的转录组数据。这些数据为研究细胞在组织中的分布、功能以及相互作用提供了重要依据。以基于微阵列的空间转录组测序技术为例： 载玻片上排列着大量的捕获探针，这些探针能够特异性结合特定的RNA分子。
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